La science des données révèle 33 anomalies génétiques
L’élevage bovin français est confronté à un défi majeur : la gestion de la consanguinité et son corollaire, l’apparition d’anomalies génétiques récessives affectant la santé et la durabilité des troupeaux. Une étude preuve de concept menée par les généticiens d’INRAE, en partenariat avec l’Institut de l’élevage (IDELE), ELIANCE, les 4 écoles vétérinaires françaises (ENVF) et les principaux organismes et entreprises de sélection français, propose une nouvelle approche pour identifier et contrer ces anomalies.
L’élevage bovin est un pilier de l’agriculture française, où l’amélioration génétique contribue à la santé et à l’efficience des troupeaux. Cependant, les mutations génétiques naturelles peuvent provoquer des anomalies lorsque deux copies anormales d’un gène sont héritées, notamment à cause de la diffusion de certains reproducteurs porteurs de mutations. Pour surveiller ces anomalies, la France a mis en place l’Observatoire National des Anomalies Bovines (ONAB) en 2002 (www.onab.fr), dont le rôle est de recueillir les signalements et les prélèvements biologiques de veaux anormaux, de susciter les recherches et d’informer les professionnels. Toutefois, cette stratégie repose sur l’observation de signes cliniques distinctifs et ne permet pas de repérer des mutations responsables de troubles immunitaires ou métaboliques dont les manifestations peuvent être confondues avec des maladies d’origine environnementale (causées par des agents pathogènes ou une alimentation inadéquate par exemple).
Une méthode innovante, appelée HHED, appliquée à trois races laitières majeures (Holstein, Montbéliarde, Normande), a permis d’identifier 33 régions génomiques associées à une surmortalité juvénile et à une réduction de la durée de vie productive. Parmi ces découvertes, le syndrome BLIRD, causé par une mutation du gène ITGB7 en Holstein, a été mis en lumière. Cette mutation, affectant l’immunité intestinale, existait depuis au moins 40 ans sans avoir été détectée.
L’étude a révélé qu’environ 29 000 veaux naissent homozygotes pour au moins une des 33 régions génomiques associées à une surmortalité juvénile détectées grâce à cette étude, entraînant des pertes économiques considérables. Grâce à l’analyse de millions de données génétiques et de phénotypes, les chercheurs ont caractérisé les mutations responsables et proposé des solutions pour les contrer, améliorant ainsi la santé et la durabilité des élevages.
L’étude initiale a porté sur l’analyse de 50 000 marqueurs génétiques balisant le génome bovin, dont les informations étaient disponibles pour plus de 500 000 individus et leurs ancêtres grâce aux évaluations génomiques réalisées en routine pour l’amélioration de ces races.
Ces travaux, présentés au congrès WCGALP en 2022, ont ouvert la voie à des collaborations internationales confirmant les impacts négatifs des mutations détectées sur la performance des bovins.
